Fundado por los agustinos, su primer local estuvo ubicado en el ahora "Convento de Nuestra Señora de Gracia", también llamado de "San Agustín", en el Jr. Ica en el Centro histórico de Lima.
Entró en funciones el 15 de marzo de 1903 bajo la Dirección del P.Ignacio Monasterio.
Hasta el año 1920 funcionó un internado, con capacidad para alrededor de ochenta (80) alumnos. Poco a poco se convrió en un colegio elitista, en el cual estudiaban los hijos de las familias de la clase alta limeña.
En el local inicial permaneció, durante 52 años, hasta 1955. Autorizado por R. M. Nº 1369, del 16 de febrero de 1955, su sede se trasladó al local de la Avenida Javier Prado, en el cruce con Paseo de la República, en el distrito de San Isidro. En 1978, al celebrar sus Bodas de Diamante fue inscrito en el Registro de Honor del Ministerio de Educación. El 21 de diciembre de 1958, tenía lugar la solemne bendición e inauguración de la capilla del colegio. También se inauguró el pabellón, llamado Sección Infantil, actualmente ocupado por 3º y 4º grados de primaria. En 1959 se inauguró la Biblioteca Escolar. En 1969 se inauguró el gran Coliseo, para acoger a unos 3000 espectadores. En 1985 se reinstauró la Educación Preescolar, bajo la modalidad de Educación Inicial.
En 1993, se inició la educación coeducativa (hasta 1992 solo era de varones) que en forma progresiva desde inicial fue incrementándose año a año hasta Quinto Grado de Secundaria. Siendo la Promoción 2004 la Primera Promoción Coeducativa.
La ampliación de pabellones continuó y en el año 2000 se comenzó la construcción de un Auditorio que fue inaugurado el 30 de junio del año 2001, siendo Director el R.P. Senén González Martín. En el 2003 construyen un nuevo pabellón llamado "Pabellón Centenario" conmemorando los 100 años de fundación.
En setiembre de 2010, asume la dirección el Fray Elias Neira Arellano, ex-director del Colegio San Agustín de Chiclayo
ALUMNOS DESTACADOS
# Javier Pérez de Cuéllar, Secretario General de la O.N.U. (Enero 1, 1982 - Diciembre 31, 1991)
# Sebastián Salazar Bondy, escritor, periodista y ensayista.
# Augusto Salazar Bondy, educador y filósofo peruano.
# Jaime Bayly, escritor y periodista.
# César Miró Quesada Bahamonde, escritor y compositor.
# Luis Felipe Angell, escritor, periodista y poeta.
# Natale Amprimo, ex-congresista (2001-2006).
# Andrés Reggiardo, ex-congresista (1993-2000).
# Alberto Tejada Noriega, médico y alcalde de San Borja (2003-)
# Fernando Carbone Campoverde, médico y ex-ministro de Salud (2002 - 2003)
# Gonzalo Ortiz de Zevallos, abogado y jurista. Primer Fiscal de la Nación
# Luis de la Cuba y Barrón, músico y compositor
# Jaime Cuadra, músico.
# José Quezada Macchiavello, musicologo.
# Luis de Souza Ferreira, ingeniero, fundador y dirigente del Club Universitario de Deportes.
# Roberto Martínez Vera-Tudela, futbolista.
# Rafael Quirós, futbolista y dirigente del club Universitario de Deportes.
# Augusto Cárdich Loarte, arqueólogo.
# Gian Piero Díaz, actor.
# Reynaldo Santa cruz, escritor
PREMIOS
Peruana de Opinión Pública (2006-2009): Gran Lider San Isidro
* International Business Awards (2008): Exelencia empresarial
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